版本一
黄飞鸿与十三姨、梁竟到广州参加医学会议，遇上白莲教徒藉扶清灭洋口号，作恶多端。黄认识了孙中山、陆皓东等革命领袖，对他们的救国之道深表赞同，助他们力战情清廷大将与白莲教主。
飞鸿(李连杰)与十三姨(关之琳)、梁宽(莫少聪)在广州遇到白莲教徒借「扶清灭洋」口号，捣乱使馆、教堂等洋人地盘也不放过，原来是大臣纳兰元述(甄子丹)包庇用来对付革命党。黄在一医学会议中，与革命领袖孙文(张铁林饰)一见如故，发觉他们对救国更具远见，决助他们一把逃过卮运。黄飞鸿有感时势逆转，遂直捣白莲教总坛，决胜九宫真人(熊欣欣)，藉此拨开迷信假象。黄飞鸿又奋慨智末开，国运的衰竭，不惜投身与元述死战，为孙文(张铁林)，陆皓东(姜大卫饰)等人保驾护航……
版本二
白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。
在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。
