传说有一块魔石，能吸取天地能量。当魔石的能量吸收到一定程度，它将就拥有强大的能量， 而被它吸走能量的物体则会消失。
宇宙海盗迪恩为了称霸宇宙，找到了魔石，并利用这块魔石入侵了天蛇星。在对抗迪恩的过程中，天蛇星少主缪斯被潘多拉魔石吸走了大量的力量，虚弱不堪。为了让她恢复力量，缪斯的哥哥耶里梅斯在宇宙中苦苦寻找了多年，终于在湖底发现了一块能与魔石对抗的正气之铁，并发誓要将它打造成一柄旷世神剑。
可是，耶里梅斯所做的这一切却被迪恩发现了。为了能够成功打造出神剑，耶里梅斯偷偷离开天蛇星，隐居起来。另一方面，缪斯苦苦寻找耶里梅斯的下落，而迪恩则继续利用魔石无恶不作。宇宙的黑暗时代来临，直到煞魔圣剑铸成。
宇宙海盗入侵凌石星。为了彻底瓦解宇宙海盗，战神联盟闪电集结，可是，在与迪恩的战斗中，雷伊，卡修斯，布莱克纷纷被吸进了魔石里，只有盖亚被雷伊用能量震开幸免于难。
与此同时，赛尔号也侦察到这股强大的能量波异动，怀疑是海盗在试验毁灭星球 的武器。为了立功，阿铁打冒充罗杰船长偷偷拦下消息，并和赛小息还有卡璐璐一块儿悄悄执行这次危险任务。在与宇宙海盗的对抗中，三人不敌，陷入危险，幸亏盖亚赶到救了他们并成功劫走潘多拉魔石。
为了夺回魔石，迪恩派出了宇宙顶尖杀手——赏金猎人摩哥斯，追杀他们。 而另一边，赛小息他们也得知了雷伊、卡修斯和布莱克遇难的消息，在逃亡中，他们遇到了一个自称缪斯的神秘女精灵，据说只有她哥哥耶里梅斯亲手制作的煞魔圣剑才能对抗潘多拉魔石！
缪斯为SPT小队指明了方向，但也将他们一行人带上了更加危险的旅程…邪恶的海盗、危险的丛林、亡命的追逐战————正与邪，谁才是这场旷世之战的赢家?
