版本一
400年前、17世纪的朝鲜。在那个烽火连绵，硝烟四起的杀戮年代，人人无法掌握自己的命运。两个情同手足的男人反目成仇，一人成了刺客，一人成了武官，上演了一段惊心动魄、荡气回肠的故事。
光海末年，民间叛乱不断，朝鲜历史上最大的一次叛乱--仁祖反正也在此时爆发，许多朝中大臣接连遭到刺杀，为保护朝中要人，朝廷特别设立了一个名为“清风明月”的武馆。该武馆以最高标准训练武术高手，尤其精于剑术，可以说是独步天下。
清风明月武馆训练的第一批剑术高手中，最厉害的人有两个：奎叶和志焕。二人在练剑过程中结交，彼此赏识，进而成为好友，并誓死保卫珍贵的友情。志焕还给奎叶留下了一条亲手做的木鱼作为纪念。
可是，随着朝廷内部分裂，奎叶（赵在铉 饰）在形势所迫之下归附于叛乱一方，伙同僧人金仁密（金甫劲 饰）谋杀武术高手。很快，奎叶受命杀死自己的师父金印（崔尚康 饰）和好友志焕（崔民秀 饰）。没想到奎叶果真拔剑刺向志焕，并把他推落山崖。
五年后，叛乱者取得胜利，一手掌控了新立王朝，参加叛乱的人无一不获得高官重禄，奎叶也成为朝中名声大震的武官，彻底变得残酷冷血。
此时，江湖上忽然出现了一名可怕的刺客，专门刺杀五年前参加叛乱的“功臣”。奎叶奉命追杀神秘杀手，却发现他神出鬼没，剑术相当高明，远超奎叶以前遇到的所有敌手。
直到有一天，又一名大臣被刺杀，奎叶赶到现场，发现尸体旁有一柄刻着“清风明月”四字的剑，原来这名“凶犯”就是他当年含泪杀害的好友志焕，他虽遇刺一剑又被推下悬崖，但却九死一生，杀回血泪人间……
版本二
新政权在血腥的杀戮中上台不久，针对朝廷高官的刺杀层出不穷，武艺超群的护卫尹奎叶（赵在弦 饰）屡次救驾，在军中得到“屠夫”的戏称。主持对前朝官员进行血腥清洗的八位大臣相继遇刺，死状甚惨，尹奎叶率部保护其余官员并着力调查，与刺客一番交手后他得知对方剑上刻有“清风明月”字样，不禁勾起一段关于往事的回忆……
清风明月乃前朝组织的一支精英部队，成军旨在维护安定，尹奎叶与崔志焕（崔民秀 饰）同为教师兼长官的金印（崔尚康 饰）高徒，金印膝下一女让两人牵肠挂肚。两人出师后加入不同部队，直至两年后汉城政变突发，尹奎叶匆匆向志焕预警，转眼间自己却面临叛乱一方的斩首，为保护部下，尹奎叶选择合作，亲手砍下了老师的头颅，又在混战中刺穿了志焕的胸膛……为捉拿刺客归案，朝廷动用了各方高手，连场血战一触即发。
