清代康熙年间，少林俗家弟子由功夫皇帝李连杰饰演的洪熙官是红花会的成员，与天地会总舵主陈近南秘密合作，力图反清复明，被清廷视为头号必杀人物。由于同门马宁儿的出卖，致使熙官全家被杀，仅留幼子文定。马宁儿又想向熙官施暗算，被熙官毙于枪下。从此，熙官携幼子浪迹天涯。
八年后。少林寺至善禅师获一藏宝图，可用以对抗清廷。为防清廷抢夺，把藏宝图分开文于马超兴、胡德帝、蔡德忠、李式开、方大洪等年幼五祖背上，又密函知会洪熙官护送五祖往寻天地会陈近南总舵主。朱小倩和红豆母女专以行骗为生，一次，遇上马超兴与其父马佳善，她们以卖身葬母为由设下骗局。马佳善中计将红豆买回，碰见洪熙官父子，见其勇武，请其当护院。朱小倩母女怕洪熙官揭破骗局，心生杀意，反被洪熙官制服，熙官怕母女俩生事而不去揭穿她们底细。
少林寺被清兵围攻，突然出现一恐怖怪人大闹少林寺。恐怖怪人就是被西域妖僧救走的马宁儿。少林寺被毁，五祖逃至马家庄，追兵跟踪而至，马家庄顿时成为战场。朱小倩领五祖在小巷中与清兵激战，将领兵官和大批高手除去，她也中箭而亡。洪熙官父子双战马宁儿，但其此时已刀剑不入，洪熙官的师叔突然出现，三人大战马宁儿仍不能取胜。文定舍命刺瞎马宁儿双眼，洪熙官乘势将其踢入熔炉，大仇终于得报，藏宝图安然无恙。
