侏罗纪公园发生灾难之后四年，一切看似恢复正常：约翰·韩文的国际遗传技术公司已经接近破产，努布拉岛被列为禁区。不过约翰·韩文有一个不足为人道的小秘密：在另一座岛上有更大规模的恐龙制造工厂，那座岛叫做桑纳岛，是国际遗传技术公司的B地段。更重要的是：侏罗纪公园毁了，可是恐龙尚在人间。
一个英国家庭无意之间登上桑纳岛，他们的女儿不但发现了岛上的细颚龙，而且被袭击受伤。这件事传到了四年前登上努布拉岛的格伦博士和约翰·韩文的耳中。约翰·韩文打算组织研究队伍返回桑纳岛研究恐龙的生态，而且要证实暴龙有亲情的动物行为理论。并邀请格伦博士加入队伍。格伦最被拒绝，不过当他得悉其女友已被送往小岛，他愿意加入队伍。目的为救女友，加上韩文利用卫星图片作证据证明危险的食肉恐龙都生活在小岛的内围。理论上只要逗留在外围，就可以避免受到袭击。他跟所有的队员一起抵达了桑纳岛，不过当他们抵达之后才发现已经有人捷足先登。
原来，4年前以巨额贿款贿赂侏罗纪公园电脑工程师的那间公司来到岛上捕猎活生生的恐龙，运返哥斯达黎加首都兴建另一座侏罗纪公园。他们的最大目标是一只成年的暴龙，为达到目标，他们首先捕捉一只幼年暴龙，引成年的暴龙入陷阱。研究恐龙生态的探险队救了幼年暴龙，却被成年暴龙误以为伤害幼兽，探险队的设备被彻底破坏，有多人被杀。生还者展开大逃亡，部分生还者因误入草丛被速龙伏击。当他们乘直升机离开小岛的时候，发现那间公司的行动已经成功，他们利用货轮把暴龙运回市内。暴龙在运送途中发难，咬死船上的人，货轮在无人驾驶的状况下撞向市区，暴龙逃脱，在市区引起一场惊天动地的人龙巷战……
