Michael在洛杉矶准备制定为公司杀害Sara的报复计划。他跟踪Gretchen和Whistler到一家酒店，他们正试图窃取公司的数据卡，Whistler拷贝了卡，Gretchen不知情。Michael悄悄跟踪他们，并威胁要杀死Gretchen，她告诉Michael她伪造了Sara的死亡。当警察赶到时，他们逃走了。Pad发现Whistler给了他一张复制卡，他很生气，命令Wyatt射杀Gretchen。 在巴拿马的Michael告诉Lincoln，Sara还活着。Michael上European Goldfinch网站，看到一条信息：Mahone关于Sara一事想与他见面聊聊。 Mahone和Whistler在同一公司工作。Whistler有数据卡，里面有该公司代理人的名字，这张卡叫Scylla。他们需要Michael协助他们闯入公司，他们告诉Michael：Sara可能在芝加哥。突然，Whistler被Wyatt射杀，并拿走了Scylla卡。Pad命令Wyatt去除掉所有和Whistler有联系的人。 在靠近墨西哥边界，Bellick和Sucre被Bellick的母亲所救。与此同时，在巴拿马T-Bag雇人开车送他越过边界，他想去找Michael，他有鸟类书知道一定会遇到Michael。 Mahone打电话给在科罗拉多州的前妻Pam，她希望他回家。 Lincoln发现有人跟踪，和他打起来并杀了他，巴拿马警察抓了Lincoln，Sofia和LJ逃走了。 Wyatt强行进入Pam家。 Michael前往芝加哥找莎拉的家人朋友Bennett，芝加哥警察逮捕了他，带到Self前，Self和Whistler一块工作。他能抹掉他和林肯的犯罪记录，希望Michael帮助他拿到Scylla卡。 当Mahone回到Pam的家时，发现警方和护理人员已将这里封锁。同时Sucre去医院看Maricruz和他的小宝宝，警察在那里逮捕他和bellick。 Self向Michael和Lincoln说他想让他们几个自己干，他做背后暗地支缓，Self将会把Mahone, Bellick和Sucre这些老朋友带来给他们。他们需要拿到数据卡，闯入公司总部，这是唯一的出路。他们拒绝帮助Self。 Bennett带Michael和Lincoln去看Sara，她一直躲藏着。为了不坐牢，Michael还是必须帮助Self。她怕他们将永远不会安全，她希望他把公司击败。Sara背上的伤疤促使Michael下了决定。一声枪声在他们藏着的房子里响起，公司发现了他们，Lincoln, Michael和Sara赶紧逃跑，他们打电话给Self告诉他过来。 Lincoln和Michael与Mahone, Bellick和Sucre在芝加哥警署见面，他们知道T-Bag有鸟类书。Self给了他们伪造的身份证，Michael把他身上的纹身去掉了。Sara和他们一块坐上了货运飞机，跟随Selff击败公司。
